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合肥大基因中心打造全球生命科学高地
测序水平跻身全球先进行列 肺癌精准放射治疗填补国内空白
来源:合肥在线 时间:2018-07-03 09:01:36 作者:
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  在美丽的半汤生物谷,合肥综合性国家科学中心大基因中心扬帆起航。记者昨日从国家大基因中心举行的科学家沙龙上获悉,经过一年时间的发展,国家大基因中心围绕测序、解码、算法和应用打造基因完整产业链。目前,大基因中心的基础研究和产业化发展体系已基本搭建完毕,一些科研成果正在形成并崭露头角,2019年将进入科研成果集中爆发期。

  基因研究“国家队”牵手合肥大基因中心

  中国科学院北京基因组研究所是中国基因研究领域的“国家队”,近日,中科院北京基因组研究所专家使用自带的全基因组测序数据,对国家大基因中心绿色超算系统进行了测试。结果显示,对于完成同一个全基因组测序(WGS)数据处理任务,目前业界绝大多数常规通用的超算单节点完成标准流程序列映射(mapping)需要8小时,而绿色超算系统单节点仅用18分钟,运算速度是前者的27倍;变异检测根据可选择流程模块,提高运算速度10-80倍。如此出众的表现,让专家们赞叹不已。

  据了解,绿色超算系统基于独有的GPU/CPU异构并行计算技术,一个绿色超算系统节点处理基因大数据能力约等同于100相似CPU配置服务器组成的集群处理能力,极具创新性和市场竞争力。

  极元科技CEO俞容山介绍说,超算体系是大基因中心发展的根本性支撑条件。记者了解到,在算法领域,合肥大基因中心构建了绿色超算系统,该系统比传统算法的效率提高了一百多倍,打破了数据分析的瓶颈。

  2017年7月,在美国药监局FDA举办的Precision FDA Hidden Treasure基因测序数据分析质量评比上,全球仅有10家机构/公司成功地检测出所有的植入变异和他们对应的Variant Allele Frequency (VAF),其中就包括极元科技。在对其他变异的分析上,极元科技取得了总分第二好成绩,科研实力迈入国际领先水平。

  作为基因研究“国家队”,中国科学院北京基因组研究所和合肥大基因中心将开展三大重点工作,推进巢湖地区人群队列研究、万名企业家及区域性长寿人群队列研究、生命与健康大数据中心巢湖灾备数据库建设。

  测序水平跻身全球先进行列

  合肥大基因中心规划建设未名BIG联合基因研究院、基因技术协同创新中心、基因产业创业园,目前集聚了基因测序、生物信息分析、绿色超算、DNA数据存储、CAR-T细胞治疗等领域众多科学家与博士,成为安徽乃至中国基因研究与创新发展的生力军。

  在测序领域,合肥大基因中心独具优势的高通量低成本基因检测技术,致力于中国人基因大数据在健康管理与疾病风险评估领域的产业化应用,拥有世界上测序通量最大的Novaseq测序仪,能一次性完成60个人的全基因组重测序,目前在测序领域处于全球第一队列水平。

  肺癌精准放射治疗填补国内空白

  合肥大基因中心还在解码领域取得非凡成就,其中在肿瘤精准治疗领域取得了重大科研成果。

  据天佳基因CEO刘湘涛博士介绍,今年4月,他们已与中国人民解放军总医院放射治疗科签订战略合作协议,双方共同研发的基于个体基因数据的肺癌精准放射治疗方案,是基于临床需求进行研发,并将科研成果再转化应用到了临床使肿瘤患者获益,填补了国内外空白。目前,公司正将该成果进行国内外专利申报,相关的科研论文也即将投稿。

  天佳基因自主研发的针对肺癌、消化道肿瘤、妇科肿瘤三种肿瘤精准用药检测的基因包也将于近期完成研发并投产,可为医生诊疗肿瘤患者提供精准用药的辅助检测报告。刘湘涛透露,年底还计划启动分子病理实验室的建设,在对分子病理判断这项工作上做得更精细。

  产业森林模式打造全球生命科学高地

  去年,俄罗斯白血病女孩罗娜不远万里来到合肥,在安徽医科大学第二附属医院,接受合肥大基因中心的CAR-T细胞治疗技术,仅用了15天时间就完全缓解了体内的白血病细胞,到现在,小罗娜治疗效果很好,体内尚未发现白血病细胞。这是合肥大基因中心在应用领域的具体应用。

  大基因中心正在发展CAR-T细胞治疗、合成生物学、健康大数据管理等技术研究和产业发展。其中,在构建健康大数据体系的过程中,集聚了全球知名专家参与其中,比如邀请了美国印第安纳大学精准健康计划数据科学与信息学主任黄昆一起搭建健康大数据体系。

  据介绍,大数据的构建除了云架构和算法之外,数据之间还要进行交互,交互后产生智能化诊断体系,应用领域许多基础支撑性工作也正在稳步推进。

  “整个生物医学的搭建,就像DNA的旅程,这个不是一个公司一个团队能够完成,从最开始DNA的提取、测序、计算、数据处理、解读再到综合应用,各个方面,合肥大基因中心都给我们提供了很好的平台,吸引许多团队的到来。”美国印第安纳大学精准健康计划数据科学与信息学主任黄昆曹文波博士介绍。

  合肥大基因中心主任曹文波博士介绍,半汤生物谷经过三年多的发展,从打造世界最大抗体药生产基地,逐步升级为全球生命科学高地,并首创了产业森林发展模式,将“阳光”(团队)、“空气”(企业文化)、“水”(资金)、“土壤”(政策与资产)、“种子”(项目库)五大元素有机融合,形成了合作共享、共生共荣、协同发展的产业生态。目前通过引进全球知名院校博士,构建了基因测序、解码、算法和应用的完整产业链。与中国科学院北京基因组所、中国科学院遗传与发育学研究所共建国家大基因中心,打造国际一流的科研创新平台,为构建全球生命科学高地提供了强大保障。

标签: 编辑 邓创
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